Proteome Discoverer軟件擁有如下功能和特性：
符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)庫搜索軟件SEQUEST和Mascot （可選）用于準(zhǔn)確和全面的對蛋白質(zhì)鑒定和肽質(zhì)量指紋圖譜鑒定。
Z·Core數(shù)據(jù)庫搜索算法快速、簡便檢索電子轉(zhuǎn)移解離裂解數(shù)據(jù)
SRF文件輸入向?qū)Э梢耘c之前的BioWorks™平臺進(jìn)行無縫連接
能方便的將多搜索引擎和裂解技術(shù)（碰撞誘導(dǎo)裂解, 高能C阱裂解, 電子轉(zhuǎn)移解離裂解）結(jié)果合并為單一報告
對同位素標(biāo)記的肽進(jìn)行相對定量
通過計算假陽性率對每一次搜索的蛋白ID進(jìn)行驗證
通過簡單向?qū)Х治龊蛡€性化工作流程對原始譜圖的多級質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析和蛋白釋義
支持由國際人類蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)組學(xué)標(biāo)準(zhǔn)計劃開發(fā)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)
對鑒定到的蛋白提供生物學(xué)信息解釋
Proteome Discoverer包括多個數(shù)據(jù)庫搜索引擎，可對賽默飛世爾科技線性離子阱系列質(zhì)譜儀提供的不同的解離技術(shù)進(jìn)行分析，如碰撞誘導(dǎo)解離裂解，電子轉(zhuǎn)移解離裂解以及高能C阱裂解技術(shù)。Proteome Discoverer使用戶充分利用質(zhì)譜高質(zhì)量準(zhǔn)確度和高分辨率的數(shù)據(jù)，而且不同的解離技術(shù)提供了互補的檢測結(jié)果，并提高了蛋白的覆蓋率和鑒定到的蛋白數(shù)目。
Proteome Discoverer軟件中的肽一致頁面(Peptide Consensus View)可以方便的對合并碰撞誘導(dǎo)裂解和電子轉(zhuǎn)移解離裂解的碎片離子的檢索結(jié)果進(jìn)行解釋，提高了肽段的覆蓋率。還可以方便的對多個復(fù)雜數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，先進(jìn)可視化工具能夠方便的對數(shù)據(jù)進(jìn)行解釋和結(jié)果共享。
Proteome Discoverer的工作流程編輯器中可允許用戶選擇搜索算法，解離方法，結(jié)果過濾和定量方法，建立一個個性化的工作流程，甚至還可以將結(jié)果統(tǒng)一在單一的易閱讀的報告中。此外，肽質(zhì)量指紋圖譜工作流程可以對高準(zhǔn)確度的MALDI數(shù)據(jù)進(jìn)行分析
新型數(shù)據(jù)庫搜索算法Z·Core特別考慮到電子轉(zhuǎn)移解離裂解譜圖的特殊性。它包括了數(shù)據(jù)的預(yù)處理步驟，根據(jù)電子轉(zhuǎn)移解離裂解譜圖的性質(zhì)，通過單位分辨率測量得到前體離子的價態(tài)。Z·Core提高了電子轉(zhuǎn)移解離裂解數(shù)據(jù)分析的通量，最大化了數(shù)據(jù)庫搜索的效率。提高了后續(xù)結(jié)果鑒定的可信度，減少了電子轉(zhuǎn)移解離裂解數(shù)據(jù)解釋的時間。
Proteome Discoverer可以進(jìn)行多種相對定量的方法，包括常見的元素質(zhì)量標(biāo)記如串聯(lián)質(zhì)量標(biāo)簽（TMT），在一張圖內(nèi)進(jìn)行肽鑒定和相對量的比值。還可以個性化過濾用特異性肽段得到精準(zhǔn)的相對蛋白含量，對實驗誤差的肽濃度進(jìn)行校正。
Proteome Discoverer還可以對液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜的數(shù)據(jù)進(jìn)行解釋。InforSense 平臺對每一個鑒定到的蛋白自動從公共數(shù)據(jù)庫下載得到相關(guān)信息，包括GO分類注釋，翻譯后修飾位點以及相關(guān)參考文獻(xiàn)。提供蛋白的特異生物信息和翻譯后修飾可用來幫助設(shè)計補充實驗和有目標(biāo)性的后續(xù)實驗。
此外，由公共數(shù)據(jù)庫得到的信息鑒定結(jié)果可方便的導(dǎo)入Excel中，數(shù)據(jù)可以進(jìn)一步驗證已知或預(yù)測的翻譯后修飾，并得到每一個蛋白的描述信息。
液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的采集現(xiàn)在可以結(jié)合創(chuàng)新數(shù)據(jù)詢問策略，把建立包含和排除列表直接導(dǎo)入到xcalibur儀器方法，通過反復(fù)實驗專門尋找低豐度樣品組分。
SEQUEST是華盛頓大學(xué)的注冊商標(biāo)，Mascot是Matrix科學(xué)有限公司的商標(biāo)。