2012年1月13日，瑞士蛋白質(zhì)組學(xué)公司Biognosys和瑞士蘇黎世聯(lián)邦工學(xué)院研究員Reudi Aebersold博士，從瑞士技術(shù)創(chuàng)新委員會(huì)(CTI)獲得了150萬(wàn)瑞士法郎(157萬(wàn)美元)，該款項(xiàng)用于支持超級(jí)反應(yīng)監(jiān)測(cè)質(zhì)譜(HRM-MS)技術(shù)的市場(chǎng)化。
去年6月(2011年6月10日?qǐng)?bào)道)，Aebersold博士在美國(guó)質(zhì)譜年會(huì)上介紹了一種新技術(shù)，這是一種基于數(shù)據(jù)-非依賴(data-independent)采集技術(shù)(SWATH)的蛋白質(zhì)組學(xué)新技術(shù)。據(jù)Biognosys公司的一份聲明稱，這種新技術(shù)“可以同時(shí)測(cè)定一個(gè)樣品中成千上萬(wàn)的已知和未知的蛋白質(zhì)，并在隨后提取蛋白質(zhì)的全貌(profile)數(shù)據(jù)?！?/FONT>
Aebersold實(shí)驗(yàn)室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600質(zhì)譜儀上開(kāi)發(fā)了SWATH方法，正如他在ASMS會(huì)議上接受ProteoMonitor采訪時(shí)所說(shuō)，TripleTOF 5600是市場(chǎng)上性能足以運(yùn)行該技術(shù)的唯一的一款Q-TOF儀器。
“我們需要非常高的靈敏度、寬動(dòng)態(tài)范圍、和快速掃描能力”，他說(shuō)，“這些性能之間關(guān)系復(fù)雜，當(dāng)你調(diào)整其中某項(xiàng)時(shí)會(huì)影響其它性能。現(xiàn)在，TripleTOF 5600提供了這些性能的最佳組合?！?/FONT>
同選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)質(zhì)譜法(SRM-MS)一樣， SWATH也是在特定的母離子窗口下來(lái)檢測(cè)目標(biāo)的碎片，期望該窗口中出現(xiàn)感興趣的肽;然后觀測(cè)碎片離子的水平，從而對(duì)感興趣的肽進(jìn)行定性和定量。
差別是，據(jù)Aebersold所述，由于TripleTOF 5600質(zhì)譜儀的速度特別快，SWATH可以選擇一個(gè)25 amu的寬母離子窗口，并把所有的母離子質(zhì)量范圍劃分成分段的25 amu寬的窗口，就可以“采集液相流出的所有組分的碎片”。
然后，使用Aebersold和系統(tǒng)生物研究所的Rob Moritz領(lǐng)導(dǎo)開(kāi)發(fā)的SRMAtlas軟件，研究者們可通過(guò)搜索，將質(zhì)譜采集的碎片離子譜圖和SRMAtlas的參考譜庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，從而鑒定多肽。
采用獨(dú)特的搜索策略非常必要，Aebersold說(shuō)，因?yàn)橥ㄟ^(guò)該技術(shù)產(chǎn)生的大碎片離子的譜圖，會(huì)“嗆(choke)”住一個(gè)典型的搜索引擎。
“因此我們使用SRM譜庫(kù)，在這些組分譜里選擇和發(fā)現(xiàn)特定的對(duì)目標(biāo)肽響應(yīng)的模式”，他說(shuō)，“和用序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索不同，我們不試圖解釋每張譜;我們只是想發(fā)現(xiàn)那些模式，能告訴我們一個(gè)特定的肽是否出現(xiàn)，如果出現(xiàn)的話這個(gè)肽的含量是多少?！?/FONT>
去年7月(2011年7月22日PM報(bào)道)，Aebersold說(shuō)他初步使用該技術(shù)的研究顯示，SWATH法能在復(fù)雜樣本中鑒定超過(guò)4個(gè)數(shù)據(jù)量動(dòng)態(tài)范圍的蛋白，其定量的性能與SRM-MS相當(dāng)。
“在檢測(cè)靈敏度方面，SWATH技術(shù)可能比SRM低3-4倍，但它正在接近于SRM的性能，”他說(shuō)。
2008年，Biognosys公司從瑞士聯(lián)邦工學(xué)院獨(dú)立。2011年11月它在首輪融資中獲得270萬(wàn)瑞士法郎(300萬(wàn)美元)(2011年11月4日?qǐng)?bào)道)。其網(wǎng)站顯示的客戶包括諾華、輝瑞、Integrated Diagnostics和飛利浦。
