ABI 3730XL測序儀
Illumina hiseq-2000測序儀
PacBio RSI 測序儀
儀器價格:一代更比一代高
在采訪中了解到,用戶A所使用的ABI 3730XL測序儀購于2010年,當時購買的價格是100萬元人民幣左右,這是一款第一代測序儀,其基于毛細管電泳和熒光標記技術進行測序。
用戶B使用的第二代測序儀Illumina hiseq-2000于2011年購買,價格約為75萬美元,其采用可逆終止法的邊合成邊測序技術。
用戶C使用的PacBio RS I測序儀是一款第三代測序儀,其利用DNA單分子的直接測序的原理進行測序。該儀器于2012年購進,當時購買價格約為100萬美元。
用戶開機率:普遍較高
A用戶來自測序公司,每天都收到來自其他單位的測序樣本,因此使用頻率非常高,幾乎每天都開機,
B用戶來自科研機構,該儀器作為平臺儀器,為單位所在的整個科研系統(tǒng)服務,兩年中都是滿負荷使用。
C用戶來自高校,儀器主要為高校內部系統(tǒng)提供服務,1年中使用頻率較高。
測序速率,讀長,通量都可以滿足需求
相比之下,ABI 3730XL測序儀的測序速度在第一代基因測序儀中是最高的。但是,由于其依賴于電泳分離技術,所以速率方面難以進一步升級,96樣本的測序運行時間約為1小時40分鐘。每天的數(shù)據(jù)通量可以達到600000bp,主要適合于基因測序和基因分型研究。
Illumina hiseq-2000測序儀作為第二代測序儀,測序速率大大提升,每天最高可以產(chǎn)生75Gb的數(shù)據(jù)??梢詫崿F(xiàn)De Novo從頭測序,DNA重測序等各種測序目標。
PacBio RSI的測序速度可以達到每分鐘60個堿基,從樣品制備到獲得堿基序列的全部流程可在1天內完成。每天可獲得的數(shù)據(jù)是200Mb mappable data。能夠完成各種測序目標。
讀長方面,ABI 3730XL的準確讀長可以達到800bp。Illumina hiseq-2000測序儀讀長可以達到2×100bp。PacBio RSI目前可以獲得1300bp的平均讀長。
前處理環(huán)節(jié):第三代測序儀優(yōu)勢明顯
用戶表示,ABI 3730XL和Illumina hiseq-2000雖然與同類儀器相比建庫準備實驗相對方便,但仍需花費較長時間和大量人力。但作為第三代測序平臺的PacBio RSI測序儀,利用DNA單分子的直接測序的原理,無需進行文庫制備,可直接從DNA片段獲得測序數(shù)據(jù),從樣本制備到獲得測序結果,所需的時間還不到一天。并且與傳統(tǒng)標準方法相比,所需的DNA量也相當少,用量可低至不到500ng。
收費售后服務:用戶滿意度高
Illumina、Life technologies的售后服務獲得了用戶的一致認可,用戶認為,其服務“響應速度快,專業(yè)性高,解決問題十分徹底”。
基因測序儀的產(chǎn)品生產(chǎn)商相對較少,過了免費的質保服務期之后,用戶需要承擔高額的售后服務費用,但幾名用戶對此并未產(chǎn)生不滿,ABI 3730XL的用戶表示,“我們認為一年10萬元的售后費用物有所值。”
改進意見:配套試劑耗材應降價
盡管ABI 3730XL在速度和成本方面都已達到了極限,但與二三代測序儀相比,其通量較低,成本較高,并且由于其對電泳分離技術的依賴,速度成本難以進一步提升。盡管如此,ABI 3730XL用戶認為,ABI 3730XL方法可靠,并且已形成規(guī)?;?,將繼續(xù)發(fā)揮重要作用。
使用Illumina hiseq-2000的用戶認為,該儀器的配套試劑價格過高,另外讀長還有待增加,并且希望建庫準備實驗可以實現(xiàn)自動化。
PacBio,RSI的用戶表示,這臺儀器的不足之處主要在于試劑耗材價格過高,通量還有待提高。另外,PacBio RSI系統(tǒng)可購買升級包,將原有系統(tǒng)轉化成最新的PacBio RSII,但是,升級耗資巨大也是令用戶頭痛的問題。
附:基因測序儀簡介
DNA測序技術是現(xiàn)代生物學研究中重要的研究手段之一。成熟的DNA測序技術始于20世紀70年代中期。1977年,Maxam和Gilbert報道了通過化學降解測定DNA序列的方法。同一時期,Sanger發(fā)明了雙脫氧鏈終止法。20世紀90年代,熒光自動測序技術將DNA測序帶入自動化測序時代。目前,基因測序儀已發(fā)展到第三代,Illumina、Life technologies(ABI)等公司共同占據(jù)著全球基因測序儀市場。