羅氏與Kapa Biosystems公司合作升級NimbleGen現(xiàn)有的二代測序目標序列捕獲方案，Kapa Biosystems公司將為羅氏NimbleGen定制二代測序建庫試劑盒，搭配NimbleGen的各款序列捕獲產(chǎn)品使用。該款試劑盒將有羅氏NimbleGen負責銷售，該產(chǎn)品已經(jīng)在國內(nèi)上市。
通過這次與Kapa的合作，客戶將可以從羅氏NimbleGen購買到捕獲測序上機前的所有實驗用的試劑，換而言之，即NimbleGen提供包括二代測序文庫構(gòu)建試劑、目標區(qū)域捕獲探針、雜交洗脫試劑等等各實驗步驟的試劑。捕獲實驗操作方法、流程也再次進行了測試和優(yōu)化，更新標準實驗操作手冊1。內(nèi)部測試數(shù)據(jù)表明新試劑盒可以用于低起始量樣品建庫后進行目標區(qū)域捕獲，包括可用于福爾馬林包被（FFPE）的樣品外顯子組或其他捕獲測序，相關(guān)技術(shù)文獻可從NimbleGen官方網(wǎng)頁下載2。除可用于低起始量的樣本建庫外，此次推出的建庫試劑盒，相比其他同類實驗，可以減少建庫的GC偏好，保證更好的文庫多樣性，從而提高探針捕獲后的富集效果。
圖1：不同起始量樣本進行SeqCap EZ Exome v3捕獲測序的結(jié)果（每個樣本以隨機抽取75M條測序數(shù)據(jù)位標準）。可見即使低至10 ng起始量，在目標區(qū)域的覆蓋度上都是相當?shù)摹?/P>
圖2：此次推出的建庫試劑盒可以提高測序結(jié)果的均一度。圖中橫坐標顯示了捕獲目標區(qū)域上GC含量，縱坐標表示該GC含量的目標區(qū)段的測序深度。藍色為此次推出試劑盒的實驗結(jié)果，相比紅色用其他方法進行實驗的結(jié)果，可以看到此次推出的建庫試劑在AT富集和GC 富集區(qū)域的測序深度都有提高。
對于此次合作，羅氏NimbleGen公司總裁Rebecca Selzer表示：” 羅氏NimbleGen不但一直追求技術(shù)上的創(chuàng)新，我們也不斷努力為客戶帶來更便捷的體驗。這次通過我們兩家公司的合作，整合優(yōu)秀的產(chǎn)品，將為我們的客戶帶來更完整、更高效的實驗體驗?！?Kapa Biosystems公司的創(chuàng)始人及首席技術(shù)官John Foskett也表示：”與羅氏NimbleGen的合作，整合兩個具有互補性的產(chǎn)品，提供優(yōu)異的定向捕獲富集方案，可對更多種類、不同樣本量的樣本實現(xiàn)高質(zhì)量測序。我們將致力于持續(xù)提高產(chǎn)品，提供更多測序解決方案。
除新的建庫試劑盒外，羅氏NimbleGen也推出了一些新的試劑，包括新版的擴增試劑、大豆、玉米、大麥、小麥等外顯子組捕獲探針等。更多產(chǎn)品相關(guān)信息請瀏覽羅氏NimbleGen官方網(wǎng)頁www.nimblegen.com。
NIMBLEGEN 及 SEQCAP是羅氏注冊商標，KAPA是Kapa Biosystems的注冊商標，歸各自公司所有。
1. Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. RocheNimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf
2. Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D.(2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixed paraffinembedded (FFPE) tissue samples for next-generation sequencing. Roche NimbleGenInc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf
