NanoString技術(shù)由于其高靈敏度,高重復(fù)性并且檢測過程中不需要進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄和擴(kuò)增,一經(jīng)推出便受到了廣泛的關(guān)注和認(rèn)可。現(xiàn)在這項技術(shù)廣泛的應(yīng)用在基因表達(dá)(mRNA),小RNA(miRNA),拷貝數(shù)變異(CNV),長鏈非編碼RNA(lncRNA)等方面的檢測,但是這些檢測的對象都是核酸,對于細(xì)胞蛋白的表達(dá)還無能為力。最近,在Science Translational Medicine 雜志上刊登了一篇題為“Cancer Cell Profiling by Barcoding Allows Multiplexed Protein Analysis in Fine-Needle Aspirates”的研究論文,報道了Adeeti V. Ullal和他的同事開發(fā)的一種基于NanoString技術(shù)的新的檢測蛋白質(zhì)表達(dá)的方法。該方法利用NanoString技術(shù)的高靈敏度和不需反轉(zhuǎn)錄的特點(diǎn),可以準(zhǔn)確的檢測用微創(chuàng)穿刺(Fine-needle aspirates,F(xiàn)NAs)方法取得的微量樣本中的細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)情況。
在理想的狀況下,臨床樣本應(yīng)該在疾病發(fā)展不同階段連續(xù)取材,用以跟蹤關(guān)鍵蛋白的變化情況。但是這種取材方式費(fèi)用高,損傷大。而用微創(chuàng)穿刺方法則可以進(jìn)行連續(xù)的取材,但是由于這種方法取到的細(xì)胞數(shù)量很少,限制了可分析蛋白的數(shù)量。盡管復(fù)用流式細(xì)胞儀(multiplexed flow cytometry)和質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)(mass cytometry)可以用于檢測少量的細(xì)胞。但是,復(fù)用流式細(xì)胞儀由于光譜重疊,可以檢測的標(biāo)志物(marker)很有限。而質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)在樣品制備過程中會損失很多的樣品,因此這兩種技術(shù)都不適用于檢測微量樣本來源的蛋白質(zhì)組信息。
Adeeti V. Ullal和他的同事設(shè)計ABCD檢測平臺(antibody barcoding with photocleavable DNA,ABCD)該平臺用一種帶有DNA標(biāo)簽的抗體對細(xì)胞表面蛋白進(jìn)行檢測,這種DNA標(biāo)簽由一段化學(xué)性質(zhì)穩(wěn)定且可被光裂解的小分子連接片段連接到抗體分子上,這樣每一種蛋白對應(yīng)唯一的一種抗體,每一種抗體對應(yīng)唯一的DNA標(biāo)簽,我們只需要檢測DNA標(biāo)簽就可以知道細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)情況。在與目的細(xì)胞結(jié)合后,洗去多余未結(jié)合的抗體,并且用光脈沖把DNA標(biāo)簽解離下來,再用NanoString提供的報告探針和捕獲探針進(jìn)行檢測,就可以得到目的細(xì)胞蛋白的表達(dá)情況。而其他的一些技術(shù),例如測序、qPCR等也可以用于這種方法的檢測,但是測序和qPCR會產(chǎn)生由擴(kuò)增偏好(amplification bias)所導(dǎo)致的誤差,而NanoString技術(shù)不需要擴(kuò)增的特點(diǎn)可以很好的還原蛋白表達(dá)情況因此被該研究所選用。他們用該技術(shù)對乳腺癌細(xì)胞系和肺癌臨床樣本進(jìn)行了檢測,發(fā)現(xiàn)同一癌腫內(nèi)部的細(xì)胞樣本蛋白表達(dá)的非均一性以及不同病例間蛋白表達(dá)的非均一性很高,說明同一癌腫內(nèi)部和不同病例間的細(xì)胞個體差異很大,因此該技術(shù)可以為腫瘤患者的預(yù)后預(yù)測和腫瘤的個體化醫(yī)療提供依據(jù)。
圖:技術(shù)原理
A. 細(xì)胞分離;B. 帶有DNA標(biāo)簽的抗體與細(xì)胞共同孵育;C. 光脈沖使DNA標(biāo)簽解離下來,用報告探針和捕獲探針檢測DNA標(biāo)簽,得到蛋白表達(dá)情況。
具體內(nèi)容請參考原文:http://stm.sciencemag.org/content/6/219/219ra9.short