納米孔測(cè)序，是國際上最受人關(guān)注的第三代測(cè)序技術(shù)之一。其創(chuàng)新的電信號(hào)檢測(cè)和單分子長鏈測(cè)序，讓全世界的科研工作者翹首以待。做為納米孔技術(shù)的領(lǐng)跑者，英國牛津納米孔公司今年在全球選擇了幾家著名的實(shí)驗(yàn)室，測(cè)試他們的樣機(jī)。我的兩個(gè)朋友，一個(gè)在美國新墨西哥大學(xué)，一個(gè)在University of Queenland，分別測(cè)試了牛津納米孔ONT。結(jié)論是：納米孔測(cè)序尚不成熟。
測(cè)序長度長
納米孔測(cè)序的測(cè)序最長可達(dá)到89kb，令人感到恐怖。也就是說，納米孔測(cè)序可以一次讀長就可以覆蓋大部分的病毒基因組了。對(duì)于很多小基因組，連組裝都省去了。納米孔的平均讀長可達(dá)4.3kb。毫無疑問這是迄今為止，所有測(cè)序儀中測(cè)序最長的。
測(cè)序錯(cuò)誤率超高
35%，對(duì)，這就是納米孔測(cè)序的錯(cuò)誤率。我剛開始看到這個(gè)數(shù)字的時(shí)候，還以為看錯(cuò)了。但確實(shí)，平均10個(gè)堿基，就有3.5個(gè)測(cè)序錯(cuò)誤。其中3%的插入錯(cuò)誤，16%的刪除錯(cuò)誤，16%的錯(cuò)配。高達(dá)35%的錯(cuò)誤率，意味著基因突變檢測(cè)成為納米孔測(cè)序的禁區(qū)，也成為納米孔測(cè)序的致命弱點(diǎn)。
當(dāng)前的納米孔測(cè)序未來有可能在哪些領(lǐng)域有優(yōu)勢(shì)呢?1，在細(xì)菌和病毒等病原體檢測(cè)方面，納米孔測(cè)序可以無需組裝就可以得到全基因組。2，利用長度長的優(yōu)勢(shì)，和二代測(cè)序結(jié)合，協(xié)助組裝基因組。
最后，我畫了一張圖，來比較目前的三個(gè)第三代測(cè)序技術(shù)。
很明顯，測(cè)序最準(zhǔn)確的是Helicos平臺(tái)，測(cè)序最長的是Nanopore。三代測(cè)序要成為一個(gè)成熟的，可以在臨床廣泛使用的技術(shù)，還需要數(shù)年的優(yōu)化和提高。
作者：賀建奎
