下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)是一項(xiàng)顛覆性的生物技術(shù)，它產(chǎn)生了海量的基因序列數(shù)據(jù)，需要依賴(lài)仔細(xì)的翻譯和解析轉(zhuǎn)化成與臨床相關(guān)且可操作的信息。
1月份在舊金山召開(kāi)的摩根大通醫(yī)療健康大會(huì)(J.P. Morgan Healthcare Conference) 專(zhuān)門(mén)組織了一個(gè)由全球頂級(jí)NGS技術(shù)專(zhuān)家組成的關(guān)于“下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)的科研應(yīng)用與日益增長(zhǎng)的臨床應(yīng)用”的圓桌討論會(huì)。與會(huì)者一致認(rèn)為：得益于分子診斷、分子標(biāo)記物(biomarkers)和靶向治療技術(shù)的進(jìn)展，下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)發(fā)展速度驚人，應(yīng)用領(lǐng)域日新月異并且富有成效，利用下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)進(jìn)行疾病預(yù)防和疾病診斷讓個(gè)性化醫(yī)療更上一層樓。
在圓桌會(huì)議討論過(guò)程中，來(lái)自基因藥物公司Invitae的創(chuàng)始人及首席執(zhí)行官Randy Scott首先打了個(gè)很有趣的比方：臨床基因組學(xué)技術(shù)終有一天會(huì)發(fā)展到今天的高清電視(HD)水平，現(xiàn)在我們應(yīng)該為之雀躍，因?yàn)槲覀冋幵谶@一產(chǎn)業(yè)發(fā)展的摩爾定律的起點(diǎn)(筆者備注：這是NGS發(fā)展最好的時(shí)代)。目前盡管我們的臨床基因組學(xué)技術(shù)離通向骨灰級(jí)別高清電視還有一段路要走，但是我們正在提供足夠“像素”的基因信息來(lái)供臨床醫(yī)生做出治療決策。
緊接著，來(lái)自10X Genomics公司的聯(lián)合創(chuàng)始人及總裁John Stuelpnagel表示，雖然自己從事的是基因組學(xué)方面的研究，但還沒(méi)有對(duì)自己進(jìn)行基因測(cè)序。不過(guò)他既不是擔(dān)心費(fèi)用問(wèn)題，更不是擔(dān)心測(cè)序結(jié)果折射的遺傳信息帶來(lái)的顧慮;而是認(rèn)為在這個(gè)領(lǐng)域，基因測(cè)序還不足以提供他所感興趣的服務(wù)。
X射線衍射法(X-ray)
坐落在美國(guó)西雅圖的Adaptive Biotechnologies公司的首席執(zhí)行官Chad Robins則認(rèn)為，X射線衍射法廣闊的市場(chǎng)前景是一個(gè)令人難以置信的激動(dòng)人心的美好畫(huà)面。Adaptive Biotechnologies公司主要用下一代測(cè)序技術(shù)(NGS)對(duì)編碼T細(xì)胞和B細(xì)胞受體的基因進(jìn)行測(cè)序。Robins討論中如是介紹自己的公司，利用一種很特殊的類(lèi)似“X—射線”(X—Ray)方法來(lái)檢測(cè)人體的應(yīng)激免疫系統(tǒng)，從而了解、診斷和監(jiān)控罹患癌癥與自體免疫性障礙等疾病的病人的免疫反應(yīng)。在他看來(lái)，免疫組庫(kù)測(cè)序是NGS最大的應(yīng)用領(lǐng)域，針對(duì)不同疾病各個(gè)階段的免疫組庫(kù)測(cè)序幾乎可以直達(dá)每一個(gè)治療點(diǎn)，相關(guān)數(shù)據(jù)還可被用于監(jiān)測(cè)患有某些血癌的病人的復(fù)發(fā)情況。
位于紐約州Tarrytown鎮(zhèn)的Regeneron Pharmaceuticals 公司首席科學(xué)家George Yancopoulos也滿腔激情地跟與會(huì)者分享，下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)能夠檢測(cè)個(gè)體患者針對(duì)不同療法的反應(yīng)，這遠(yuǎn)比對(duì)群體樣本測(cè)序有意義。Regeneron Pharmaceuticals公司基于對(duì)基因序列的興趣從事基因治療研究的理念，已經(jīng)在靶標(biāo)驗(yàn)證和藥物研發(fā)中處于行業(yè)領(lǐng)先地位。
他很篤信： 下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)正處于蓬勃發(fā)展的關(guān)鍵轉(zhuǎn)折點(diǎn)， Regeneron公司作為這片藍(lán)海中的弄潮兒，引領(lǐng)了行業(yè)不斷進(jìn)步的潮流。
據(jù)George Yancopoulos介紹，Regeneron目前已經(jīng)專(zhuān)門(mén)成立了針對(duì)疾病的早期基因診斷的全資子公司——Regeneron基因組學(xué)中心(RGC)，新公司將早期基因診斷、功能性基因組學(xué)、藥物開(kāi)發(fā)整合成一個(gè)價(jià)值生態(tài)圈，為客戶提供全套的基因組學(xué)應(yīng)用服務(wù)。
此外，他還提到，新公司RGC的主要目標(biāo)是通過(guò)確定新的藥物靶點(diǎn)、臨床適應(yīng)癥來(lái)改善患者的治療結(jié)果，并開(kāi)發(fā)出相應(yīng)的基因標(biāo)記物及基因組學(xué)臨床診斷方案。
迄今為止，RGC已經(jīng)處理識(shí)別了10000多人的信息樣本，并利用云計(jì)算和新方法實(shí)現(xiàn)了每年50000個(gè)獨(dú)立樣本高質(zhì)量檢測(cè)通量。
Yancopoulos進(jìn)一步解釋道，他們是整個(gè)行業(yè)里少數(shù)幾家從事人類(lèi)基因組學(xué)與藥物療法相結(jié)合的公司之一，目前公司已經(jīng)有幾款在研藥(pipeline)處于后期臨床試驗(yàn)。
顯而易見(jiàn)，從生物學(xué)的角度而言，基因測(cè)序不會(huì)成為藥物研發(fā)的絆腳石，而是推動(dòng)者。
目前在人類(lèi)基因組學(xué)與藥物療法方面最大的挑戰(zhàn)是對(duì)人類(lèi)疾病基因序列調(diào)整(重排序)。這也正是Regeneron公司在去年1月份與Geisinger成立人類(lèi)基因組學(xué)研究聯(lián)盟的原因。
在雙方合作展開(kāi)的前5年里，Geisinger采集100,000多名志愿者患者，Regeneron公司通過(guò)新成立的子公司RGC對(duì)參與者進(jìn)行測(cè)序以及數(shù)據(jù)處理和基因分型。這項(xiàng)研究的規(guī)模和范圍是為了讓基因信息和人類(lèi)疾病之間的關(guān)聯(lián)性能得到更精確的識(shí)別和驗(yàn)證。此外，由于Geisinger具有獨(dú)特的表型數(shù)據(jù)庫(kù)，Regeneron與他們合作可以很順利進(jìn)行個(gè)人基因組數(shù)據(jù)分型。
基因組學(xué)網(wǎng)絡(luò)(Internet of genomics)
基因藥物公司Invitae的創(chuàng)始人及首席執(zhí)行官Randy Scott補(bǔ)充說(shuō)，人類(lèi)或許還沒(méi)有意識(shí)到基因網(wǎng)絡(luò)時(shí)代的到來(lái)，但是基因網(wǎng)絡(luò)時(shí)代已經(jīng)滲透到醫(yī)療健康領(lǐng)域。其中最典型的例子即Foundation Medicine公司，他們構(gòu)建了一個(gè)腫瘤學(xué)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。不久的將來(lái)，我們會(huì)將每一位患者的腫瘤基因組數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)開(kāi)源的數(shù)據(jù)庫(kù)，供全球臨床醫(yī)生共享訪問(wèn)。
在監(jiān)管與合規(guī)方面，Adaptive Biotechnologies公司的Robins表示：相對(duì)于下一代測(cè)序(NGS)技術(shù)益處多多、形勢(shì)大好的局面，付費(fèi)人群仍遠(yuǎn)落后于當(dāng)前的市場(chǎng)聲勢(shì)。
來(lái)自10X Genomics公司的Stuelpnagel也補(bǔ)充道：未來(lái)2到3年內(nèi)，基因檢測(cè)和下一代測(cè)序(NGS)市場(chǎng)會(huì)隨著用戶對(duì)醫(yī)學(xué)檢測(cè)的需求增加，將會(huì)出現(xiàn)更多觸手可及的便捷醫(yī)療設(shè)備，同時(shí)整個(gè)基因診斷的成本也會(huì)不斷下降。而公司作為下一代測(cè)序(NGS)市場(chǎng)生態(tài)圈中的主導(dǎo)者，必須在這個(gè)市場(chǎng)建立具有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的價(jià)值鏈，10X Genomics公司專(zhuān)注于從交付產(chǎn)品中提取更多的測(cè)序信息也是基于此條價(jià)值鏈考慮。
此外，Stuelpnagel還強(qiáng)調(diào)：如果基因檢測(cè)和下一代測(cè)序(NGS)服務(wù)被FDA過(guò)度監(jiān)管，這將會(huì)扼殺美國(guó)高新產(chǎn)業(yè)技術(shù)新一輪的創(chuàng)新。
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