為了了解細(xì)胞內(nèi)的基因組信息和它們的生理機能之間的關(guān)系，重要的是要評估哪些基因在不同條件下積極參與產(chǎn)生蛋白質(zhì)。收集這些信息的最直接的方式是，對細(xì)胞中存在的蛋白質(zhì)進(jìn)行定量測量。
隨著技術(shù)的進(jìn)步，最近才使得絕對蛋白質(zhì)水平的大規(guī)模測量成為可能。來自巴塞爾大學(xué)和蘇黎世大學(xué)(瑞士)、格羅寧根大學(xué)(荷蘭)的科學(xué)家們，聯(lián)手測量在22種不同條件下生長的大腸桿菌中的蛋白質(zhì)。使用質(zhì)譜法為基礎(chǔ)的蛋白質(zhì)組學(xué)方法，他們不僅確定了存在哪些蛋白質(zhì)，而且還確定了每個細(xì)胞中有多少個副本。
大型數(shù)據(jù)集
系統(tǒng)生物學(xué)教授Matthias Heinemann說，來自大規(guī)模數(shù)據(jù)集的結(jié)果，將激勵更多新的研究成果，他與巴塞爾大學(xué)的Alexander Schmidt一起協(xié)調(diào)實驗。他解釋說：“我們成功地分析了這些細(xì)胞中百分之90的蛋白質(zhì)量。我們發(fā)現(xiàn)，有超過2300種不同的蛋白質(zhì)，代表著4300個細(xì)菌基因中的超過一半。這使大腸桿菌中絕對定量的蛋白質(zhì)數(shù)量增加了一倍。對于這些蛋白質(zhì)中的一些，還沒有確定其功能。但是，通過研究超過22種不同生長條件下的表達(dá)模式，我們現(xiàn)在獲得了一個關(guān)于‘它們正在做什么’的線索。”
免費索取Life Tech蛋白質(zhì)組學(xué)產(chǎn)品信息
蛋白質(zhì)有非常不同的表達(dá)水平，從每個細(xì)胞平均超過100000個副本，到兩個、一個甚至更少的水平。Heinemann說：“首先，這表明我們的方法是多么的敏感，但它也會讓你想知道，在非常低的水平表達(dá)的蛋白質(zhì)有什么功能，通過純粹的隨機效應(yīng)，雖然一些基因可能是活躍的(從而隨機產(chǎn)生蛋白質(zhì))，但我們并不排除一個細(xì)胞中一個蛋白單拷貝的一種適當(dāng)功能。畢竟，其他的生物實體——顯示為單拷貝(如基因)，也具有一種功能，研究還發(fā)現(xiàn)了對細(xì)菌蛋白質(zhì)的新翻譯后適應(yīng)性。
新問題
在這篇論文中描述的數(shù)據(jù)集，正在被其他科學(xué)家所使用，并引發(fā)了新的令人興奮的研究調(diào)查。作者指出：“我們的數(shù)據(jù)將作為新研究的參考數(shù)據(jù)，并已經(jīng)促成了一些正待出版的研究結(jié)果。這個數(shù)據(jù)集可讓科學(xué)家們能夠提出并回答新的問題。”
對于這項研究，在不同條件下生長的細(xì)菌是在格羅寧根大學(xué)培養(yǎng)的。樣品被運到巴塞爾大學(xué)，蛋白質(zhì)含量(包括膜結(jié)合蛋白)是通過質(zhì)譜分析法分離和分析的。最后，整個團隊對這些結(jié)果進(jìn)行了分析。
