政府主導原則。國家實驗室作為大國重器，其性質決定了國家實驗室必須要以滿足國家和社會的緊迫需求為主要目的，這是原則性和方向性問題。因此，國家實驗室的設計、投資、建設及評價都必須以國家相關部門為主導。對于國際頂尖國家實驗室很多研究者存在認知誤區(qū)，他們認為政府擁有、委托運營模式（簡稱GOCO）是主流模式也較為普遍，其實真實情況并非如此，真正體現國家意志的國家實驗室的運營模式大多是政府擁有、政府運營模式（簡稱GOGO）。以美國國家實驗室為例，國土安全部及NASA的國家實驗室全部直接隸屬于相關部委及其下屬部門，能源部的國家實驗室雖然只有一個實驗室采取GOGO模式，但是其他實驗室隸屬的單位要么是大學及學會，要么是與國家相關部門關系密切的大型公司，看似代管但其實這些大學、學會及公司與政府之間的關系極其緊密。剛成立不久的實驗室尤其是關涉國家關鍵領域的實驗室，都直接隸屬于政府相關部門，如國土安全部下屬的成立剛10年左右的5個實驗室、NASA下屬的10個關系國家安全的國家實驗室等。

協同創(chuàng)新原則。過去30多年建設國家重點實驗室的探索并沒有完全使我國建成具有較好協同創(chuàng)新能力的國家實驗室體系，甚至很多實驗室的研究方向和領域存在一定的交叉和重復，實驗室因管理體制、評估體系的原因導致彼此之間競爭激烈甚至各自為戰(zhàn)，協同創(chuàng)新能力較弱。建設國家實驗室，必須要實現國家實驗室之間的協同創(chuàng)新，而非以往同質化的內卷式競爭，這就需要主管國家實驗室的政府部門統籌規(guī)劃本部門所屬的實驗室，同時加強與其他政府部門之間的協同合作。我國接下來建設國家實驗室必須以科技部為主加強政府各部門之間的聯系，同時對下屬的國家實驗室的功能和任務形成清晰的定位。這樣就可以形成以在建的國家實驗室為中心與現有的522家國家重點實驗室之間，通過分類與聯盟形成一個知識生產與分工協作的完整體系，從而盤活現有的國家重點實驗室資源。

重點突出原則。國家實驗室作為前沿知識生產的源頭，必須要有高精尖的設備和充足的人財物資源，這才能支撐起國家實驗室在科技鏈條頭部的地位。因此，必須重點突出地建設相關核心設施及突出研究亮點。雖然我國投入國家重點實驗室體系及國家實驗室建設的財政撥款逐年增加，但是相較美國等發(fā)達國家的國家實驗室而言在投入規(guī)模方面還有較大的差距；此外，我國之前建設的國家實驗室及國家重點實驗室的數量規(guī)模已位居世界前列，但是實驗室的人員規(guī)模普遍偏小（國外國家實驗室人員平均規(guī)模是我們的10倍以上），實驗室內部難以形成學科交叉、協同合作的條件，有的甚至和院（系）成了“一套班子、兩塊牌子”。國外頂尖實驗室一般都有自身的獨特科研設施及研究亮點，不管是單項目還是多功能實驗室大都在其所屬領域達到了國際頂尖水平，吸引了大量國內外的頂尖科學家和訪問學者，大規(guī)模、跨學科的科研團隊人員配備齊整，促進了實驗室的協同創(chuàng)新。因此，接下來我們建設國家實驗室必須做到兩個突出，一是資源突出，尤其是先進大型科研設施及科研裝置，著力建設具有國際頂尖水平的實驗室，做到規(guī)模適當、學科交叉；二是重點突出，國家實驗室功能定位準確、形成獨特研究特色，在所屬科研領域達到國際領先水平，同時加強國際交流與合作。

長效評價原則。國家實驗室作為我國基礎研究和前沿研究的蓄水池和壓艙石，必須給其充分的自由和時間深入科學前沿領域進行探索性和持久性研究。目前國家重點實驗室的科研人員在招聘、評價、選拔、管理等方面與其所屬單位幾乎采用同樣的標準，評價體制不夠靈活、單調的短期績效模式以及深層激勵機制的錯位，導致“四唯”“五唯”（唯帽子、唯論文、唯項目、唯職稱甚至唯獎項）盛行，這套僵化的不匹配評價體系造成國家實驗室的功能出現失靈，更為嚴重的是，其運行偏差對實驗室科研人員尤其是年輕人造成了很大的生存和發(fā)展壓力。我國建設國家實驗室也應該逐步采取長效評價原則，實驗室負責承接大項目，科研人員主要負責承擔子項目的科研任務，科研評價重視科研成果的理論意義和實際價值，放棄那些飲鴆止渴式的過頻過濫的短期評價，從評價機制角度入手給予國家實驗室的科研人員以更多的自由、時間和發(fā)展機會。

國家實驗室的建設是中國科技體制在新時代推進范式轉型的一次主動嘗試，希望以此構建國家戰(zhàn)略科技力量的基本格局，為了實現這個宏偉戰(zhàn)略目標，總結以往經驗教訓，厘清關鍵原則勢在必行。由于實驗室的生態(tài)鏈相對簡單與獨立，改革起來便于控制環(huán)境變量，如果能夠取得成功，對于后續(xù)的科技體制改革推進具有重大的示范作用，因此，基于歷史經驗得出的規(guī)則而行可以保證改革行穩(wěn)致遠。