10x Genomics的經(jīng)典款儀器Chromium Controller，輕巧便攜，是您實(shí)驗(yàn)室自用、外出服務(wù)的必備神器，而于2020年推出的自動(dòng)化建庫(kù)工作站Chromium Connect，從細(xì)胞懸液到可用于測(cè)序的文庫(kù)，可最大限度地減少不同用戶、不同樣品甚至不同地點(diǎn)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)差異，大大提高實(shí)驗(yàn)室效率。
然而，隨著單細(xì)胞測(cè)序的不斷發(fā)展，研究人員對(duì)能夠分析數(shù)十萬(wàn)甚至數(shù)百萬(wàn)細(xì)胞大規(guī)模研究的需求不斷增加，如研究免疫學(xué)和傳染病反應(yīng)，對(duì)大腦和神經(jīng)系統(tǒng)等極其復(fù)雜的系統(tǒng)進(jìn)行深入分析，對(duì)整個(gè)發(fā)育階段的細(xì)胞類型進(jìn)行完整的圖譜分析，以及大規(guī)模單細(xì)胞 CRISPR 和藥物篩選等。而更高通量的研究往往耗時(shí)耗力、費(fèi)用高昂，因此，如今10x Genomics Chromium X系列解決方案應(yīng)運(yùn)而生。
10x Genomics Chromium X是一種新型高通量單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建解碼系統(tǒng)，單次最多運(yùn)行上百萬(wàn)細(xì)胞，可大大降低檢測(cè)成本。那么它是怎么做到的呢，數(shù)據(jù)表現(xiàn)又如何？別著急，我們將通過(guò)Q&A形式為您一一揭曉~
Q 10x Chromium X如何實(shí)現(xiàn)單次運(yùn)行百萬(wàn)單細(xì)胞？
與10x 之前推出的兩款儀器Chromium Controller和Chromium Connect相同，最新推出的Chromium X系列產(chǎn)品也是基于Next GEM技術(shù)研發(fā)，其核心之處在于采用先進(jìn)的微流控技術(shù)，可在幾分鐘內(nèi)完成成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞微滴生成和條形碼標(biāo)記，而每個(gè)微滴都含有一個(gè)可識(shí)別的條形碼，便于下游分析。
而與之前的Controller和Connect兩款儀器的8通道，每個(gè)通道最多捕獲10,000個(gè)細(xì)胞不同的是，X儀器有16個(gè)通道，每個(gè)通道最多捕獲20,000個(gè)細(xì)胞，再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)，每個(gè)通道最多可捕獲60,000個(gè)細(xì)胞，去除雙細(xì)胞率后，每張芯片最多可捕獲750,000個(gè)單細(xì)胞。
Q 10x Chromium X系列儀器有幾款，有什么區(qū)別？
10x Chromium X系列儀器有兩款，iX和X，兩款儀器外觀相同，但性能不同。X是最全能的一款儀器，從低通量LT到標(biāo)準(zhǔn)通量Standard到高通量HT全部兼容，具有超高的靈活性，無(wú)論是入門級(jí)的試點(diǎn)研究，還是進(jìn)行大規(guī)模的超高通量實(shí)驗(yàn)，都能完美兼容，并可運(yùn)行多種應(yīng)用如單細(xì)胞基因表達(dá)、免疫分析、ATAC及Multiome；iX可謂是X的入門款，兼容LT和Standard，可通過(guò)購(gòu)買升級(jí)包直接升級(jí)到X，進(jìn)而運(yùn)行高通量試劑盒HT，實(shí)現(xiàn)單次運(yùn)行百萬(wàn)細(xì)胞。當(dāng)然，iX比X價(jià)格更低，是一種經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的選擇。
Q 單次實(shí)驗(yàn)這么高的通量，成本究竟能降低多少？
10x Chromium X搭配高通量的試劑盒HT，可使總體實(shí)驗(yàn)成本降低70-80%，單個(gè)細(xì)胞的成本降低多達(dá)7倍！
Q 使用10x Chromium X儀器的數(shù)據(jù)表現(xiàn)怎么樣？
1. 在Chromium Controller和X兩款儀器上運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)通量產(chǎn)出數(shù)據(jù)對(duì)比
10x使用Standard標(biāo)準(zhǔn)通量的試劑盒分別在Chromium X和Chromium Controller上進(jìn)行了不同應(yīng)用（單細(xì)胞基因表達(dá)、免疫分析、ATAC及Multiome）的內(nèi)部測(cè)試實(shí)驗(yàn)，兩者產(chǎn)生的數(shù)據(jù)非常相似，說(shuō)明標(biāo)準(zhǔn)通量的試劑在兩款儀器上運(yùn)行可產(chǎn)生基本一致的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
2. 在10x Chromium X儀器上運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)通量和高通量試劑產(chǎn)出數(shù)據(jù)對(duì)比
10x使用 Chromium X 和新 HT 試劑盒進(jìn)行了一項(xiàng)內(nèi)部研究，以評(píng)估 7 種不同的藥物化合物對(duì) 2 種非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系隨時(shí)間的影響。結(jié)合CellPlex 技術(shù)，將來(lái)自相同處理的樣品進(jìn)行混樣處理，并在Chromium X 上運(yùn)行單細(xì)胞基因表達(dá)Standard和 HT 兩種解決方案。基因中位數(shù)和UMI檢出率以及UMAP圖中的聚類分析均表現(xiàn)出高度相似，二者的t-SNE投影圖也高度重疊。
然后用基因表達(dá)數(shù)據(jù)來(lái)注釋細(xì)胞群，主要的細(xì)胞亞型如 B 細(xì)胞、T 細(xì)胞、自然殺傷細(xì)胞和單核細(xì)胞，以及健康的肺細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞，都可以很好地鑒定區(qū)分。疊加抗體數(shù)據(jù)后，健康的肺細(xì)胞如肺泡上皮細(xì)胞和纖毛細(xì)胞，在 HT 和標(biāo)準(zhǔn)方案中都能檢測(cè)到。但綠色的 ELF3+/EPCAM+ 細(xì)胞群僅存在于 HT得到的數(shù)據(jù)中，而單獨(dú)使用Standard方案無(wú)法檢測(cè)得到。說(shuō)明高通量和標(biāo)準(zhǔn)通量可產(chǎn)生可比擬的數(shù)據(jù)結(jié)果，但高通量解決方案比標(biāo)準(zhǔn)通量更能檢測(cè)出稀有細(xì)胞類群。
Q 10x Chromium X可以用于哪些應(yīng)用方向？
10x新的Chromium X 和單細(xì)胞高通量 HT 解決方案能夠在廣泛的研究領(lǐng)域?qū)崿F(xiàn)新的應(yīng)用。從對(duì)不同患者群體的深度免疫組庫(kù)分析，到在癌癥樣本中尋找超稀有的腫瘤細(xì)胞，到構(gòu)建復(fù)雜的大腦和神經(jīng)系統(tǒng)的綜合圖譜，再到大規(guī)模的單細(xì)胞 CRISPR 篩選和藥物鑒定等。
10x Chromium X系列單細(xì)胞系統(tǒng)可以根據(jù)您需要的實(shí)驗(yàn)規(guī)模開(kāi)展任何10x Genomics單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)，并具有業(yè)界最高的通量靈活性，可分析數(shù)百至百萬(wàn)級(jí)的細(xì)胞。俗話說(shuō)早就是優(yōu)勢(shì)，早點(diǎn)邁入單細(xì)胞研究的新臺(tái)階，解鎖10x Chromium X為您帶來(lái)的無(wú)限可能，也就把握了高通量單細(xì)胞研究的先動(dòng)優(yōu)勢(shì)。X系列現(xiàn)已接受預(yù)定，早預(yù)定早發(fā)貨，欲購(gòu)從速！
