小代君說
精準醫(yī)療時代下生物樣本庫
發(fā)展現(xiàn)狀
精準醫(yī)學(xué)概念源于美國前總統(tǒng)奧巴馬2015年國情咨文中的精準醫(yī)學(xué)計劃(Precision Medicine Initiative)。該計劃核心是通過分析個體的基因信息,加快從基因組層面對疾病的認識。個性化的健康信息結(jié)合技術(shù)、知識和治療方法,能夠促進臨床上準確地了解病因,實現(xiàn)精準的個性化用藥。總體而言,精準醫(yī)學(xué)包括對疾病風(fēng)險的評估和預(yù)測、預(yù)防或干預(yù),改善臨床診療和分析預(yù)后,基于疾病相關(guān)信息,以個性化方式解決人類面臨的醫(yī)療健康問題。
生物樣本庫又稱生物銀行(Biobank),主要是指標準化收集、處理、儲存和應(yīng)用健康和疾病生物體的生物大分子、細胞、組織和器官等樣本,包括人體器官組織、全血、血漿、血清、生物體液或經(jīng)處理過的生物樣本(DNA、RNA、蛋白等)以及與這些生物樣本相關(guān)的臨床、病理、治療、隨訪、知情同意等資料及其質(zhì)量控制、信息管理與應(yīng)用系統(tǒng)。
目前,精準醫(yī)療的發(fā)展成果主要集中在腫瘤領(lǐng)域,隨著腫瘤研究的發(fā)展,腫瘤治療的聚焦方案從針對細胞周期靶點的化療藥物,到針對基因突變的分子靶向藥物,再到針對免疫治療靶點的免疫療法,精準醫(yī)療的理念貫穿其中并逐步完善。
與此同時,生物樣本庫作為標準化采集、 處理、儲存和應(yīng)用健康與疾病生物體的生物大分子、細胞、組織和器官等樣本(包括人體器官組織、全血、血漿、血清、生物體液或經(jīng)處理DNA、RNA、蛋白質(zhì)等) 以及與這些生物樣本相關(guān)的臨床、病理、治療、隨訪、知情同意等資料及其質(zhì)量控制,信息管理與數(shù)據(jù)應(yīng)用系統(tǒng)的綜合性建設(shè)工程,成為精準醫(yī)療發(fā)展的堅實基礎(chǔ),進入快速發(fā)展的黃金時期。
發(fā)展特點
1.生物樣本庫的建設(shè)需要標準化和規(guī)范化
精準醫(yī)療涉及個性化和標準化兩個理念的平衡,這亦是現(xiàn)代醫(yī)學(xué)發(fā)展的必由之路。從精準醫(yī)療所依托的基因測序技術(shù)平臺可以看出,基因測序技術(shù)標準正處于逐步完善的進程中。同樣,作為樣本資源和數(shù)據(jù)信息整合平臺的生物樣本庫也需要實施標準化和規(guī)范化建設(shè)。在生物樣本庫建設(shè)和發(fā)展初期,各區(qū)域、各級醫(yī)療單位的生物樣本庫建設(shè)工作缺乏統(tǒng)一的規(guī)范和標準,造成樣本質(zhì)量良莠不齊、利用率低,資源共享和流通困難等問題,限制了大型多中心臨床研究的開展。
近年來,我國生物樣本庫的建設(shè)、管理等各方面工作不斷邁向標準化和規(guī)范化。為推動我國生物樣本庫標準化建設(shè)的發(fā)展,2009年中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會組織生物樣本庫分會正式成立,并組織編寫了《中國生物樣本庫與數(shù)據(jù)庫建立指南》,于2011年出臺了《中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會生物樣本庫標準 (試行)》。2015年,我國成立了全國生物樣本標準化技術(shù)委員會,主要負責(zé)生物樣本的采集、處理、存儲、管理、分發(fā)及相關(guān)技術(shù)、方法、產(chǎn)品領(lǐng)域國家標準的制訂和修訂工作。2019年7月,《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》發(fā)布,對我國人類遺傳資源采集和保藏等相關(guān)管理工作作出了明確規(guī)定。2019年8月,中國國家標準化管理委員會發(fā)布了《生物樣本庫質(zhì)量和能力通用要求》,規(guī)定了生物樣本庫能力、公正性、持續(xù)運行 (含質(zhì)量控制) 的通用要求,確保生物樣本和數(shù)據(jù)資料的質(zhì)量。
2.生物樣本庫的發(fā)展依賴信息化建設(shè)和發(fā)展
精準醫(yī)療基于大數(shù)據(jù)建設(shè)的完善和數(shù)據(jù)挖掘解讀技術(shù)的發(fā)展,大量基因測序數(shù)據(jù)的傳輸、整合和挖掘解讀均需要高通量大數(shù)據(jù)快速分析和云計算的幫助;同時,要將數(shù)以百萬計的健康志愿者信息、臨床診療信息、基因組信息匯集儲存,傳輸?shù)讲煌脑贫嘶蚱脚_,以實現(xiàn)數(shù)據(jù)分析和信息共享,均離不開信息化技術(shù)的支撐。
現(xiàn)代生物樣本資源庫分為 “濕庫” 和 “干庫”,作為數(shù)據(jù)資源的 “干庫” 與實體樣本資源同等重要,是生物醫(yī)學(xué)研究的基石。通過對生物樣本數(shù)據(jù)庫中組學(xué)數(shù)據(jù)與臨床資料 (病史、影像學(xué)、實驗室、病理、隨訪及生存信息等) 的整合,有助于尋找表型與基因組學(xué)之間的聯(lián)系并發(fā)現(xiàn)精準治療靶點。
“十三五” 規(guī)劃以來,我國實施了一系列國家政策將醫(yī)療信息化推向了快速發(fā)展的新階段,如復(fù)旦大學(xué)中山醫(yī)院設(shè)立了大數(shù)據(jù)人工智能中心,南京醫(yī)科大學(xué)設(shè)立了生物醫(yī)學(xué)工程與信息學(xué)院,實踐醫(yī)療信息化的專職管理部門和學(xué)科建設(shè)工作。
3.生物樣本庫的發(fā)展離不開多中心聯(lián)盟與共享
任何診斷治療方案均源于嚴格的臨床試驗證據(jù),包括精準醫(yī)學(xué)在內(nèi)的現(xiàn)代醫(yī)學(xué)應(yīng)遵循循證醫(yī)學(xué)原則。從近年來的相關(guān)研究可以看出,大型多中心臨床研究促進了精準醫(yī)療的發(fā)展,如對惡性腫瘤靶向藥物的開發(fā)及細胞程序性死亡配體-1 ( programmed cell death-ligand 1, PD-L1) 相關(guān)免疫治療在臨床的快速進展和突破,完善的生物樣本庫建設(shè)及大型多中心臨床研究的開展發(fā)揮重要作用。
知名的大型生物樣本庫一般采用多中心聯(lián)盟形式。如BBMRI,囊括了歐洲30多個國家的200多所機構(gòu),現(xiàn)存樣本量超過5000萬份。此外,美國癌癥生物醫(yī)學(xué)信息網(wǎng)絡(luò)( Cancer Biomedical Informatics Grid,caBIG)、美國生物存儲和生物樣本研究中心 (Biorepositories and Biospecimen Research Branch,BBRB) 、加拿大腫瘤資源庫協(xié)作網(wǎng) (Canadian Tumor Repository Net-work, CTRnet) 、英國生物樣本庫 (UK Biobank) 等均在國家層面自上而下進行管理,制定統(tǒng)一的樣本采集、存儲及資料信息化管理標準。
2015年,科技部成立了 “國家人類遺傳資源共享服務(wù)平臺”,設(shè)立北京、上海、廣州3個中心,納入數(shù)百家生物樣本庫建設(shè)單位,促進樣本資源的流通和共享。2016年,中國生物樣本庫聯(lián)盟成立,在生物樣本公開、共享、可持續(xù)發(fā)展與建設(shè)新模式等方面進行探索與實踐,促進各專病生物樣本庫之間的溝通與合作,促進多中心研究和資源共享,推進大數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)化研究進程,推動和提升我國在該領(lǐng)域內(nèi)的數(shù)據(jù)共享應(yīng)用。此外,北京、上海、江蘇等地多家生物樣本庫也形成了區(qū)域性的樣本庫聯(lián)盟,在標準化共享方面不斷探索新模式。
4.生物樣本庫的發(fā)展需要多學(xué)科融合支撐
精準醫(yī)療是一項復(fù)雜的系統(tǒng)工程,它將組學(xué)技術(shù)、數(shù)字影像、系統(tǒng)生物學(xué)、信息科學(xué)、 大數(shù)據(jù)等現(xiàn)代科技與傳統(tǒng)醫(yī)療進行融合創(chuàng)新,形成精準醫(yī)療的體系和范式,指導(dǎo)醫(yī)學(xué)實踐。精準醫(yī)療所涉及的技術(shù)貫穿疾病預(yù)防、診斷、治療及生物試劑、新藥開發(fā)等整個醫(yī)療流程,包括基因測序、3D打印、造影、器官移植等高新技術(shù),以基因測序產(chǎn)業(yè)鏈為例,涵蓋上游的測序儀器與試劑耗材、中游的基因測序服務(wù)和下游的生物信息學(xué)分析。作為精準醫(yī)療基礎(chǔ)平臺的生物樣本庫涉及多學(xué)科知識,包括樣本科學(xué)、低溫生物學(xué)、生物信息學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、倫理學(xué)等,從前期實體樣本庫的選址、設(shè)計等,到運行階段樣本的采集、處理、質(zhì)控、運輸、項目管理,再到后期的醫(yī)學(xué)研究成果轉(zhuǎn)化、共享規(guī)范、知識產(chǎn)權(quán)分配等,需融合多個基礎(chǔ)學(xué)科,樣本庫從業(yè)人員需不斷充實和學(xué)習(xí)多方面的知識和技能。目前,國內(nèi)已有醫(yī)學(xué)院校設(shè)立了生物樣本庫專業(yè),為生物樣本庫領(lǐng)域培養(yǎng)專業(yè)化人才。
?發(fā)展階段
初級階段:生物樣本庫和信息資源的整合平臺
初級階段啟動基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè),制定標準化工作流程,開展生物樣本和信息資源的采集及標準制訂工作,初步建成采集和管理生物樣本及其臨床信息的工作平臺。該階段為生物樣本庫建設(shè)的基礎(chǔ)階段,可完成并實現(xiàn)樣本資源與生物信息的“輸入”功能。組成生物樣本庫和信息庫的主要要素包括多種類型的實體樣本、生物樣本衍生物、相關(guān)倫理文件 (如知情同意書等) 以及捐獻者的臨床信息、實驗室檢測信息、組學(xué)數(shù)據(jù)等,研究人員可從多個層面開展精準醫(yī)療相關(guān)的研究和驗證,其產(chǎn)生的數(shù)據(jù)仍返回至樣本庫,與原有實體樣本和信息數(shù)據(jù)融合,不斷豐富和拓展生物樣本庫的內(nèi)涵。
?中級階段: 精準醫(yī)療研究的支撐服務(wù)平臺
中級階段的生物樣本庫不僅作為樣本采集存儲的場所,而且還提供各類技術(shù)服務(wù)平臺,實現(xiàn)生物樣本資源和研究數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)化,如樣本存儲平臺,生物大分子提取檢測平臺,組織、細胞、分子等多水平試驗平臺,以及生物樣本下游的精細化加工和處理平臺等。根據(jù)精準醫(yī)療的研究需求,聚焦臨床重大疾病,建立生物芯片數(shù)據(jù)分析、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析、人類疾病高通量生物信息學(xué)等篩選技術(shù)體系,形成相應(yīng)的生物信息數(shù)據(jù)挖掘和技術(shù)開發(fā)能力,一站式獲取所需信息和數(shù)據(jù)。該階段是生物樣本庫建設(shè)過程中的關(guān)鍵階段,是生物樣本庫從臨床樣本信息資源采集平臺轉(zhuǎn)變?yōu)榫珳梳t(yī)療研究項目支撐服務(wù)平臺的角色轉(zhuǎn)化階段。
高級階段: 精準醫(yī)療成果的轉(zhuǎn)化合作平臺
生物樣本庫的建設(shè)和維護需要大量投入, 合理制定生物樣本有償使用服務(wù)價值體系,用于生物樣本庫的運行和維護,是實現(xiàn)生物樣本資源價值屬性、保障生物樣本庫可持續(xù)發(fā)展的有效途徑。2016年,國務(wù)院印發(fā)的《 “十三五” 國家戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃》明確指出,應(yīng)建設(shè)生物資源樣本庫、生物信息數(shù)據(jù)庫和生物資源信息一體化體系,建設(shè)具有重要產(chǎn)業(yè)應(yīng)用價值及科研前瞻性的國家精品樣本庫和實時全景生命數(shù)據(jù)庫,搭建信息資源研究開發(fā)的基礎(chǔ)性支撐平臺。同時指出,依托現(xiàn)有生物產(chǎn)業(yè)基地、園區(qū)和集群,有步驟、有重點地推動若干生物經(jīng)濟集群建設(shè),促進人才、技術(shù)、資金等資源向優(yōu)勢區(qū)域集中,導(dǎo)生物產(chǎn)業(yè)特色化、集聚化發(fā)展,使生物產(chǎn)業(yè)在促進產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)型升級中發(fā)揮引領(lǐng)作用,加快構(gòu)建貫穿整個創(chuàng)新鏈條的生物科技創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)服務(wù)平臺。
發(fā)展問題
1.數(shù)據(jù)安全和隱私保護問題
在精準醫(yī)療的發(fā)展進程中,移動醫(yī)療和大數(shù)據(jù)技術(shù)被廣泛應(yīng)用,患者的隱私保護、基因技術(shù)引發(fā)的倫理問題等隨之出現(xiàn)。大數(shù)據(jù)時代,個人信息價值日益得到市場及各行業(yè)領(lǐng)域的認可,數(shù)據(jù)信息的價值和挖掘越來越凸顯其重要性。目前,基于生物樣本庫產(chǎn)生的大數(shù)據(jù)在共享和權(quán)利保護方面的邊界仍未明確。與此同時,在利潤的驅(qū)使下,非法使用個人信息的事件頻繁發(fā)生,引發(fā)了隱私保護、倫理、 法律等多方面問題,阻礙了大數(shù)據(jù)應(yīng)用技術(shù)的發(fā)展。對于知情同意、捐獻者隱私保護等相關(guān)問題,目前尚無統(tǒng)一的共識和規(guī)范,各國均未出臺較為系統(tǒng)、全面的法律法規(guī)。
2.可持續(xù)發(fā)展運營問題
精準醫(yī)療的研發(fā)耗資巨大,尤其是靶向藥物的研發(fā)成本高昂,為保障精準醫(yī)療尤其是精準藥物的研發(fā)有序開展,持續(xù)的經(jīng)費支持是必備條件,僅依靠財政投入無法實現(xiàn)行業(yè)發(fā)展的可持續(xù)性,同時應(yīng)通過政策支持,允許醫(yī)藥企業(yè)合法獲得相應(yīng)利潤,以促進社會資本的積極參與,為精準醫(yī)療的發(fā)展注入充裕資金。目前國內(nèi)生物樣本庫的運營經(jīng)費主要來源于國家和省市級重大項目支持及醫(yī)院的基礎(chǔ)建設(shè)投入,運營過程中面臨如何進行 “自身造血” 的問題,建議拓寬經(jīng)濟來源渠道,尋找適合自己的發(fā)展模式,與精準醫(yī)療領(lǐng)域的相關(guān)企業(yè)開展合作研發(fā)項目,實現(xiàn)樣本資源的價值轉(zhuǎn)化。
?未來方向
人類社會的發(fā)展已進入到人工智能時代,智能化技術(shù)對各行各業(yè)的發(fā)展均產(chǎn)生較大的影響和沖擊。在精準醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,人工智能已成為創(chuàng)新藥物研發(fā)和精準醫(yī)療的重要發(fā)展方向。在不遠的將來,智能化診斷分析技術(shù)將對現(xiàn)有醫(yī)療模式帶來顛覆性改變。近年來,生物樣本庫大型自動化智能設(shè)備不斷普及,基于物聯(lián)網(wǎng)技術(shù)的智能化自動化樣本處理、存儲、檢測設(shè)備不斷推陳出新,生物樣本庫基礎(chǔ)建設(shè)的標準和規(guī)模亦不斷提高。此外,被稱為下一代生物樣本庫的 “活體” 樣本庫,利用細胞原代培養(yǎng)和復(fù)蘇、細胞重編程等技術(shù),從有限的樣本量中獲取大量能夠真實反映體內(nèi)生物學(xué)狀態(tài)的研究材料,突破了生物樣本庫的現(xiàn)有瓶頸,滿足精準醫(yī)療的更高要求,是生物樣本庫未來的發(fā)展方向,有著廣闊的發(fā)展前景。